Az iskolákból a zsidó tanárokat eltávolították, legnagyobb részüket az 1939:IV. tc. 5. §-a alapján nyugdíjazták. Emellett a zsidó származású tanulóifjúságot ért megkülönböztetések is egyre inkább éreztették hatásukat. Noha a törvény csak az egyetemek és főiskolák esetében írta elő, hogy a felveendő zsidó hallgatók aránya nem lehet hat százaléknál magasabb, ezt a korlátozást a középiskolák esetében is igyekeztek alkalmazni a felvételek során. Az 1939/40-es tanévtől fogva külön „zsidó osztályt” („B” osztály) állítottak fel három fővárosi középiskolában: a VII. kerületi Madách Imre, az V. kerületi Berzsenyi Dániel és a VI. kerületi Kölcsey Ferenc Gimnáziumban (forrás: K. Farkas Claudia).
A térbeli elkülönítés egy sajátos, virtuális változatát illusztrálja a Kemény Zsigmond Reálgimnázium 1938/39. évi érettségi tablójának az esete. A zsidó tanulókat az osztálykép alsó sorában különítették el, [ind.: 10:38] s megtiltották nekik, hogy az akkoriban divatos, fess nemzeti viseletben szerepeljenek. Ám akadt példája az együttérzésnek, mert az egyik nem zsidó tanuló – Molnár János, székesfehérvári illetőségű osztálytárs – a megkülönböztetés elleni tiltakozásul szintén egyszerű polgári ruhában állt a fényképezőgép elé.
A német megszállás időszaka a tanügyigazgatás terén is új helyzetet eredményezett. Kezdetét vette a „zsidónak tekintendő” tanügyi intézmények támogatása megvonásának, illetve felszámolásának folyamata.
A tanulókra vonatkozó rendelkezések körében, az áprilisától fogva életbe lépett utasítások előírták például, hogy a sárga csillagot a vakáció ideje alatt is viselniök kell az erre kötelezetteknek, továbbá, hogy sem az iskolában, sem azon kívül iskolai egyenruhát, sapkát, jelvényt nem hordhattak.
Ahogy a korábbi években a zsidó tanulókat igyekeztek elkülöníteni külön osztályok szervezésével, 1944-ben már a zsidó szerzők írók, költők, köztük klasszikusok műveinek iskolai könyvtárakból való kitiltására is sor került.